FTPでサーバにアップロードし、install.phpにアクセス。

/con、/data、/data内の全てのディレクトリ、を書き込み可能（700とか777とか）にする。 あと、プラグインを自動インストール出来るよう、/lib/pluginsのパーミッションも書き込み可能（700とか777とか）にする。

• 使用言語……ja（日本語）
• Wiki名……適当に
• ACL……アクセスコントロールを使うかどうか。有効にした方が便利
• スーパーユーザー……DokuWikiの全ての機能を使えるユーザー名。好みのものを適当に
• フルネーム、メールアドレス、パスワード……スーパーユーザーの詳細情報。適当に
• ACL初期設定……公開するならオープンかパブリック。個人やグループで使うだけならクローズド

設定が終わると、/conf内にacl.auth.php、local.php、users.auth.phpが自動的に生成される。念のためFTPでダウンロードするなどしてバックアップする。

インストールはここで終わり。

なお、一般的なレンタルサーバだと、ここまでの作業だけでは、ほぼ確実にまともに動作しない。ページを作成するとエラーが出る。
エラーの主な原因は、PHPセーフモードが有効になっているため。よって、PHPセーフモード対策にしたがって、セーフモード回避をする。

もしPHPセーフモードが最初から無効になっているサーバーなどであれば、DokuWikiの設定へ。