管理ボタン→サイト設定、でサイトの基本設定をする。
最低限チェックしておいた方がいいものは、以下の通り。
Wikiタイトル
使用言語……jaでいい。
フォルダ作成マスク……（
PHPセーフモード関連）
PHPセーフモード対策をsafemodehackでやっている場合は、0777あたり。それ以外だと変更する必要はあまりない。
最初の見出しをページ名とする……「URLに日本語は入れたくないが、各ページのtitleタグなどは日本語にしたい」といった場合は有効にする。（参考→
タイトルを変更）
アクセス管理を行う……有効にする。
パスワードの自動生成……好みに応じて。無効だと、新規ユーザー登録時にユーザーが自分でパスワードを入力する。有効にすると、メルアドを登録すればDokuWikiが自動生成したパスワードをメールで送ってくれるが、メール送信に不具合があるとそのユーザーはログイン不能になってしまう。
スーパーユーザー……インストール時のままでよい。スーパーユーザー（DokuWikiの全ての機能を使えるユーザー）を複数にしたい場合は、スーパーユーザー名の頭に「@」をつけて「スーパーユーザーグループ」にする。このグループに入れたメンバーは全てスーパーユーザーになる（/conf/acl.auth.phpの編集が必要）。不用意に変更するとログイン出来なくなるので注意。
DokuWikiの動作を無効にする……限定されたメンバーだけで編集するなら、最低限ユーザー登録にはチェックを入れた方がよい。
インデックスを許可……いたずらで書き換えられたページが検索エンジンに拾われるのを防止するため、
標準設定ではそのページの最終更新日から5日間（60*60*24*5秒）、noindex,nofollowをつけ続ける。インデックス許可の判定はサイト全体ではなく各ページごとに行われ、ここで指定した日数を過ぎたページはindex,followに自動的に置き換わる。編集する人間が限定されているなら0か1ぐらいにすればよい
1)。
HTML埋め込み……限られたメンバーで使うなら有効にした方が便利。
PHP埋め込み……限られたメンバーで使うなら有効にした方が便利。
キャッシュ保持時間……小規模サイトだと、キャッシュを長時間保持するとむしろ問題が多い（編集時にボタンが表示されないとかサイドバーをクリックしてもページが表示されないとか）。よって1ぐらいにした方がよいかも。
URLの書き換え……htaccessならURLは短くてシンプルになる。htaccessにした場合、.htaccessファイルも編集して正しくURL書き換えが行われるようにする。なお、RewriteBaseの書き換えは環境によっては不要。
URL上の名前空間の区切りにスラッシュを使用……どっちでもいいけど、スラッシュの方がなじみやすい気はする。
ページ名の単語区切り文字……ハイフンは以前と違い、検索エンジンでの優位性は失われている。ただ、視認性と入力しやすさを考えると、ハイフンの方がいいかも。
文章が存在しないページに”HTTP404/Page Not Found”を使用……Googleウェブマスターツールを使いかつHTMLファイルでサイト確認するような場合は、チェックを入れる。
Googleサイトマップ作成頻度……1にする。もしGoogleがサイトマップを確認出来てないようなら
2)、.htaccessを適切に編集する。
RSS内リンク先……「現在のページ」にする。
