FTPでサーバにアップロードし、install.phpにアクセス。
/con、/data、/data内の全てのディレクトリ、を書き込み可能（700とか777とか）にする。 あと、プラグインを自動インストール出来るよう、/lib/pluginsのパーミッションも書き込み可能（700とか777とか）にする。
設定が終わると、/conf内にacl.auth.php、local.php、users.auth.phpが自動的に生成される。念のためFTPでダウンロードするなどしてバックアップする。
インストールはここで終わり。
なお、一般的なレンタルサーバだと、ここまでの作業だけでは、ほぼ確実にまともに動作しない。ページを作成するとエラーが出る。
エラーの主な原因は、PHPセーフモードが有効になっているため。よって、PHPセーフモード対策にしたがって、セーフモード回避をする。
もしPHPセーフモードが最初から無効になっているサーバーなどであれば、DokuWikiの設定へ。